在佛陀入灭后的一百年间，佛教僧团发生分裂，此后数百年佛教分部流传。这一历史时期称之为“部派佛教”，时间范围大致在公元前四世纪至公元后二世纪。

      在佛陀涅槃之后的四五百年之中，佛教僧团先后举行了四次结集，确定佛教的圣典。佛陀在世时，直接由佛陀为弟子们释疑、指导、依止等，至佛陀入灭后，即有必要将佛陀之说法共同诵出，一方面为防止佛陀遗教散佚，一方面为教权之确立，故佛弟子们集会于一处，将口口相传之教法整理编集，称为“结集”。关于“结集”时间和次数，南传与北传佛教文献的记载并不一致，然而如果综合两传的文献加以推定，可知大致有下列四次：

      第一次结集是在佛入灭之年，在阿阇世王保护之下举行。当时五百阿罗汉会集于摩揭陀国王舍城外七叶窟，以摩诃迦叶为上首。此次结集又称作“五百集法”、“五百结集”、“五百出”。结集大会中，摩诃迦叶命阿难升于高座以宣说佛语，阿难乃以普遍之音诵出“如是我闻，一时薄伽梵”云云，后经憍陈如等诸长老确认实系佛陀所说。此即佛教经典所说的第一次结集。

      第二次结集，是在佛入灭一百年时，毗舍离附近的跋耆族比丘就戒律产生异见，行“十事”。为此，七百比丘集会于毗舍离城，以耶舍为上首而举行结集。此次结集又称为“七百集法”、“第二集法藏”、“第二集”。大概因为此次合诵，单集律藏，主要目标在于确定跋耆族比丘所行十事为非法，因此这次结集又称为“毗舍离结集”。由于参加者多为佛教长老，故又称为“上座部结集”。然而，当时毗舍离的比丘不服从上座部的决定，于是另行召集约万人参加的集会，确定“十事”为合法。由于参与者众多，故被称为“大众部结集”。

      第三次结集，相传是在佛陀入灭236年后举行。当时曾得阿育王之护持，一千比丘会集于摩揭陀国波咤厘子城的阿育僧伽蓝，以目犍连子帝须为上首。此次结集，仅见于南方系佛教文献所传，如《善见律毗婆沙》卷二、《岛史》、《大史》及缅甸文献都载有此事。至于北方所传诸律论则未见记载。当时所结集的是上座部的三藏圣典，并编辑《论事》一书。

      第四次结集，相传是在佛陀入灭四百年时举行的。在迦腻色迦王护持下，会集迦湿弥罗国之五百阿罗汉，以胁、世友二人为上首，共同结集三藏，并附加解释。当时所集论藏的解释即现存的《大毗婆沙论》，故又称之为“婆沙结集”。此次结集，载于《阿毗昙毗婆沙论》序、《婆薮盘豆法师传》、《三论玄义》、《大唐西域记》卷三、《大毗婆沙论》卷二百、《大慈恩寺三藏法师传》卷二等书中，然而印度诸论及南传佛典等都未记载。另外，南传佛教将十九世纪在斯里兰卡举行的五百僧人结集，作为第四次结集。该次结集首次将巴利语三藏辑录成册。

      佛教经典的结集，一方面是佛教本身发展的需要，另一方面也反映了在佛陀入灭之后，佛教内部在某些方面存在若干分歧，经典的结集实际上是佛教僧团力图消弭这些分歧的努力。譬如，在前述第一次结集中，佛弟子对于戒律中的“八事”就发生过细微的争论，不过当时并未导致佛教的分裂。佛教的公开分派是在第二次结集时发生的，尽管关于其原因，南传佛教和北传佛教的典籍所说并不一致。南传佛教说主要是因为戒律方面的不同意见，北传佛教则说主要是在教理方面的分歧导致统一佛教的分派。

      先看南传佛教的说法。在佛陀入灭后百年，以毗舍离城为中心的东方跋耆族主张“十事”可行，为合法；以耶舍为首的西方比丘则认为“十事”不合律制，为非法。为了审查此“十事”是否合于佛所制定的戒律，于是召开第二次之结集。所说“十事”如下：第一，角盐净，为供它日使用，听任食盐贮存于角器之中。第二，二指净，当日晷之影自日中推移至二指广间，仍可摄食。第三，住处净，僧团原规定每月要在一定场合全体举行一次布萨会(检讨忏悔)，但跋耆族认为可以自由一些。第四，他聚落净，于一聚落食后，也可以再入其它聚落摄食。第五，生和合(不攒摇)净，食足后，也可以饮用未经搅拌去脂的牛乳。第六，饮阇楼伽净，阇楼伽是一种未发酵或半发酵之椰子汁，信徒可以取而饮之。第七，无缘坐具净，缝制坐具，可以不用贴边，大小可以随意。第八，所习净，出家前所学习的东西出家后也可以继续学习。第九，赞同净，于众议处决之时，虽然僧数未齐，仍得预想事后承诺而行羯磨。第十，金银净，可以接受金银。这十项革新的见解，遭受到保守派教团的反对，因而在吠舍离举行“七百结集”，有七百位比丘开会讨论其事。会议结果，判定跋耆族比丘所提出的“十事”是不合佛教律法的。依南传文献所载，上述事件也是造成印度佛教分裂为上座部、大众部的根本原因。会议的结果是，主张“十事合法”的跋耆族比丘一万人也举行集会，制定自己的经律，形成大众部，而与主张“十事非法”的上座部分庭抗礼。

      依照北传佛教的看法，佛教第一次分为“上座部”和“大众部”是由对于阿罗汉果位存在不同的看法造成的。阿罗汉本是早期佛教所言的佛教徒修行所能够达到的修行境界，佛教最初将其当作究竟果位，认为只要达到这一境界就可以断尽一切烦恼，不再堕入轮回。当时有一位叫“大天”的比丘提出，罗汉仍然有五方面的局限性。依《异部宗轮论》、《大毗婆沙论》卷九十九等载，大众部始祖大天曾编一偈，以宣扬其对证果罗汉境界所持的观点。此偈即：“余所诱无知，犹豫他令入，道因声故起，是名真佛教。”“大天五事”如下：第一，“余所诱”，阿罗汉虽已断尽诸漏而无烦恼，但仍难免漏失不净(遗精、便利、涕唾等)，此因恶魔憎嫉佛法，对修善者破坏、诱惑所致。第二，“无知”，阿罗汉虽无染污无知，但尚存不染污无知。染污无知是与无明相应的无知，即大乘所谓的烦恼障，二乘之人断尽之后即不现行。不染污无知不与无明相应，即大乘所谓的所知障，唯有证得佛果始毕竟不起。第三，“犹豫”，阿罗汉虽已断尽随眠疑惑，但处非处疑惑尚未尽断。第四，“他令入”，阿罗汉须依他人之记别，方知自己为罗汉。第五，“道因声故起”，阿罗汉虽已有解脱之乐，然诸圣道，若不至诚唱念“苦哉”，则终不现起。大天的这些观点为僧团内少数有地位的长老所反对，认为其不符合佛教教义，但僧团内的大多数僧众则支持大天的说法，认为其符合佛教教义。这样，反对大天观点的僧人形成“上座部”，支持大天的僧人形成“大众部”。

      统一佛教的分裂，尽管直观地说是因为教团内部的某些争论造成的，实际上却是随着社会的发展，佛教与时俱进的结果。“由于印度社会经济、民族、文化发展的极不平衡，各个地区存在一定的差别，一般说恒河流域一带经济、文化比较发达，西北山地较差。这些差别不能不反映在佛教的信仰和实践中间，佛教在新的地区传教，不能不受当地宗教信仰的一些影响。因而引起一些争论。”(黄心川《印度哲学史》第201页)另外，随着商品经济的发展，私有财产也已经被认为神圣不可侵犯。在这种情况下，原始佛教的若干戒律规定，譬如关于食物的严格禁忌以及对于金银货币的决绝态度，在当时可能已经难于严格执行。“大众部”在这些方面力图有所变革，也是自然而然的。而关于围绕阿罗汉果位的争论，印顺法师在《初期大乘佛教之起源与开展》说：“大抵佛灭以后，成为上座中心的佛教，阿罗汉是无学圣者，受到非常的尊敬。到那时，比对佛的究竟圆满，发现解脱生死的阿罗汉，还有习气‘无知’，还有种种不圆满。综合为五事而举扬出来，与传统无保留的赞叹尊敬，不免引起了诤论。由于阿罗汉不究竟，不圆满的宣扬，使人更仰慕佛陀，归向于佛陀。五事的宣扬者──大天，是引导佛教向大乘法演进的大师，所以《分别功德论》隐约的说︰‘唯大天一人是大士，其余皆是小节。’”这可谓的论。

      在“大众部”和“上座部”根本分裂之后的二百年之间，又从这二部中分裂出十八部或者二十部。兹不赘述。

      佛教与其它宗教的最大不同就在于非常强调智慧解脱，因此，十八部或二十部之间的分歧，有戒律制度方面的，更主要的则是思想方面的分歧。生存于约三世纪的诃犁跋摩在其所著的《成实论》将部派佛教的分歧概括为“十论”，此书卷二载：“所谓二世有、二世无。一切有、一切无。中阴有、中阴无。四谛次第得、一时得。有退、无退。使与心相应、心不相应。心性本净、性本不净。已受报业或有或无。佛在僧数、不在僧数。有人、无人。”如果依照现今常见的思路，可以将其归并为如下的问题：第一，有我与无我的问题。此包含《成实论》所归纳的“中阴有、中阴无”以及“有人、无人”等两个问题。第二，过去、现在、未来之法是否是真实的存在？即“法体”问题，包含《成实论》所归纳的“二世有、二世无”和“一切有、一切无？”以及“已受报业或有或无”等三个问题。第三，心的性质问题。此包含《成实论》所说的“使与心相应、心不相应”以及“心性本净、性本不净”等两个问题。第四，修行境界问题，即罗汉观、佛陀观的问题。此包含《成实论》所说的“有退、无退”以及“佛在僧数、不在僧数”两大问题。前者讨论罗汉果位一旦证得，是否还会退转；后者讨论佛陀属于“僧”还是不属于“僧”的问题。最后，“四谛次第得、一时得”是讨论在修行中，是顿得真谛还是渐次获得的问题。第四、第五个问题主要涉及的是佛教的信仰和修行方法问题，不便展开，兹从略。以下逐次说明前三大问题。

第一，有我、无我的问题

      原始佛教的“无我”论联系到轮回流转、业果相续时又有了新的困难。“业论”与轮回本是印度的传统思想。依这种“业”的观念，生命主体可以在时间中无限延长，而并非仅仅存在一世；具体生命的存在(如神、人、鬼、畜生等)只是被看作生命主体的一种升降；而升降的标准，则由人自己的善恶行为决定，人由于“业”的不同而于六道中轮回流转，循环往复。轮回的观念，设定了行为主体和生命主体的同一性。原始佛教继承了这一理论，在其基础上提出缘起论，将善恶因果之流化作一缘起之流。所谓四谛、十二因缘就是为此而展开的。依据四谛、十二因缘的原理，众生生命的流向有两个方向，即流转和还灭。众生是趋向流转还是趋向还灭，完全视其业缘而定。不过，如果有情的生命是依缘而起并且处于奔流不息的变迁之中，那么生命的延续是以什么为其主体呢？谁在造业？谁在受果？谁进入生死轮回，又要求超脱生死轮回呢？部派佛教围绕这些问题展开了长时期的讨论。有些部派仍坚持业感缘起论，有的则通过不同的路向建立起变相的“有我”论。

      出于上座系的犊子部及其支派，均建立了“不可说的补特迦罗”。“补特迦罗”，意译为“数取趣”，即一次次地在六趣(六道)中招受轮回果报的主体，是“我”的异名。他们认为：“若定无有补特迦罗，为可说阿谁流转生死？不应生死自流转故。然薄伽梵于契经中说，诸有情无明所覆、贪爱所系，弛流生死，故应定有补特迦罗。”“若一切类，我体都无，刹那灭心，于曾所受久相似境，何能忆知？”“我体既无，孰为能忆？”(唐玄奘译《俱舍论》卷三十)只有设定了“补特迦罗”才能解决这些问题。是“补特迦罗”在流转生死；是“补特迦罗”能忆知过去；是“补特迦罗”能够从前世转至后世。此“补特迦罗”“其体与蕴不一不异……此如世间依薪立火，谓非离薪可立有火，而薪与火非一非异。若火异薪，薪应不热；若火与薪一，所烧即能烧，如是不离蕴立补特迦罗。”(唐玄奘译《俱舍论》卷二十九)犊子部这个“我”虽然说得很玄妙，但仍属实体范畴，使人很自然地想到一个不离五蕴的形而上的实体。”

      经量部提出一种“胜义补特迦罗”。“胜义”是真实之义。窥基在《异部宗轮论疏述记》中说，经量部“执有胜义补特迦罗，但是微细难可施设，即实我也。”又说“诸蕴从前世转至后有。实法我，能从前世转至后世。”这是说，“胜义补特迦罗”是一种真实的“我”，其行相虽细微难知，但却是众生由前世转至后世的主体。而此“胜义补特迦罗”是由体性永恒的“一味蕴”和由其所派生的、有生灭变化和作用的“根边蕴”二者所合成的。窥基在《异部宗轮论疏述记》中将其释为“细意识”。其实，经量部的譬喻师认为“灭尽定细心不灭”，他们的理由是“无有有情而无色者，亦无有定而无心者。若定无心，命根应断，便名为死，非谓在定。”(唐玄奘译《大毗婆沙论》卷一五二)这里的“细心”大概相当于前述的“细意识”。与犊子部相同，经量部在修补原始佛教“无我”论之漏失方面走得很远，建立“实体我”的意图很明显。

第二，法体问题。

      部派佛教一般将“法”分析为“有为法”和“无为法”两种，然后再对其分别进行分类。对于这些“法”有无实体，大致有六种意见，其中有两种倾向值得注意：一是说一切有部之“法体”说，二是“一说部”之“诸法无名假体说”。前者对后来大乘佛教如来藏系肯定“自性清净心”即心体之存在，有很大影响；后者与大乘般若中观学已较为接近，很可能有渊源关系。

      说一切有部不仅把三世作为生命主体的三生来论证，甚至也包含作为一般时间范畴的过去、现在、未来。此部四大论师之一的世友有三世“位异”论为之张目。按照世友的说法，世间万物随着时间的推移，只是所处时位发生变化，而实体并不发生变化。好象算法的筹码，同样一个筹码放到十位就为十，放到百位就是百，而其本身并无变化。三世也是这样，“有为法未有作用名未来，正有作用名现在，作用已灭名过去。”世友认为，“体实恒有，无增无减，但依作用，说有说无。诸积聚事，依实有物，假施设有，时有时无。”这就是说，事物在三世的时间变幻中，“体虽已有，而无作用。今遇因缘而生作用。”(唐玄奘译《大毗婆沙论》卷七十六)看来，有部认为法体与其作用既有联系，也有区别。有部认为，法体与其作用是非一非异的关系。有时候，“法”只有体而没有“用”，如过去之法与未来之法即是如此，所以不能讲体、用为“—”；另一方面，引生自果的作用是依“法”而显起的，所以也不能言是“异”。“法”有三世差别，此仅仅依“法”的作用而言，但法体终归是恒住自性的。因此，三世从现象而言似乎有起灭，不过，追究其背后却应该有恒一常存的“实体”存在。这一学说为轮回找到了一个形而上的抽象实体，比之前述的“补特迦罗”而言，显然精致多了。然而，从法体与作用的关系而言仍然欠缺圆满，有割裂二者之嫌。

第三，心的性质问题。

      佛教认为解脱的关键在于“心”之去染现净，因此对于解脱主体染净状况的判定便是确立修行解脱法门的理论前提。作为解脱主体的心，其本性是净还是不净？如何理解净与不净？围绕着这些问题，印度部派佛教提出了两种不同的说法：即心性本净和心性本不净。这两种不同的价值判断影响了印度大乘佛教，也影响了中国佛教。

      玄奘译的《异部宗轮论》将大众系的大众部、一说部、说出世部、鸡胤部视为“本宗同义者”，并说这些部派在心性问题上的主张是：“心性本净，客尘随烦恼之所杂染，说为不净。”汉译《顺正理论》、《佛性论》、《舍利弗阿毗昙》等典籍均记载“分别论者”亦主张心性本净说。依吕瀓先生之说，上座系分别说部及大众系大多数部派都持心性本净之说，不过立论略有不同。上座部有关此问题的典据保存在汉译《舍利弗阿毗昙》和南方《增一部》经文中。南方上座《增一部·一法品》的第六节有对举体裁的两段，大意是：“心性本净，为客尘染。凡夫未闻故，不如实知，亦无修心。”“心性本净，离客尘垢，圣人闻知，如实知见，亦有修心。”(转引自吕瀓《印度佛学源流略讲》第268页)这样几段材料互参，大致可以看出上座部心性说的面目。他们在此回答了两个问题：心可以解脱，其方法是去掉客尘。这大概是与大众部相同部分。至于净心，立论各有不同。上座部主张净心是心所固有的，解脱之主体是净心。大众系也讲心性本净，但它不讲心原来就净，而是指其未来的可能之净，即未来可能达到的境界，而且一旦达到净位即不再退回到染位去。这样，大众系强调的是染心得解脱，如衣有污垢，未洗时脏，洗后即净，先后并非两衣，而是一衣。化地部认为心性本净，去掉染污就会出现净心，主张也有不同。关于本净与客尘之关系，依照窥基撰《异部宗轮论疏述记》的看法，“心性本净、客尘所染”包含如下含义：其一，从时间上言，众生从“无始以来性体自净”，而染烦恼乃为后起；其二，尽管心性本净，但众生仍不是“圣”，因为众生之心仍天然地含有“染”的可能性，即“有心即染”；其三，染、净在性质上是不相同的，染是暂时的、可断除的，即修道时“染乃离灭”；而“净”是恒久的、不可断灭的，即“唯性净在”。

      “说一切有部”反对心性本净说，《顺正理论》在记述了“分别论者”的观点后，明确指出“此不应理”。他们认为心性本来是染污的，只有彻底去掉染心才能得到净心，才是心性清净。他们认为，以有垢之器来说明心性是“不应理”的，“器与垢非互为因，容可计为垢除器在。贪心相望必互为因，如何从贪心可解脱？”(唐玄奘译《顺正理论》卷七十二)器具和污垢是外在关系，器具可以由净变垢，再除垢变净。而贪与心是互为因果关系，两者相应而生，心不可能本来就清净。因此，清净是众生经过修持以后才得到的。可见，有部主张众生解脱是由染心到净心的转化，即净心代替染心的过程。前、后心是不同的，是两个心非一个心。然而，有部也强调解脱要依心而行，因此，心也有离染向净的一面。杂染与离染是心的二重性质，修道的任务就是去掉杂染心，转成清净心。

      部派佛教所立的两个相反的命题——“心性本净”与“心性本不净”，其理论分歧主要集中在以下三方面：

      其一，烦恼的分类。佛教所谓烦恼是泛指众生身心发生的恼、乱、烦、惑、污、瞋等消极的、否定性的心理活动。这些心理因素是妨碍修持达到觉悟的染相，因此都是对治去除的对象。心性本净论者将烦恼分为两方面：一是“缠”，指烦恼的现行；二是“随眠”，指烦恼的习气，如人处于睡眠状态一样，烦恼也可潜伏而不彰显。《异部宗轮论》载，大众、一说、说出世、鸡胤四派主张：“随眠非心、非心所法，亦无所缘。随眠异缠，缠异随眠。”有部对“随眠”的体性持有异论，认为随眠就是烦恼。

      其二，烦恼与心的联系。与上述烦恼的分类相应，心性本净论者认为，“随眠与心不相应，缠与心相应。”(唐玄奘译《异部宗轮论》)依照这一见解，不论其与心相应或不相应，烦恼的染污并不影响心的本性，“心”尽管可与烦恼同时现起，仍然是离烦恼的，因为净心与烦恼并非同类，故表面染而其本性非染。《大毗婆沙论》卷六十在论及分别论者关于阿罗汉果位是否退转时说：“分别论者又说，随眠是缠种子，随眠自性心不相应，诸缠自性与心相应。缠从随眠生，缠现前故退。诸阿罗汉已断随眠，缠既不生，彼如何退？故说无退。”这里是说，“随眠”与“缠”不同，与“心”有相应、不相应之别。而“缠”是跟从随眠而生，若随眠已断，“缠”就不会再行生起。阿罗汉既已断随眠，当然不会退转而失果位。有部则坚持烦恼与心常相应并且会影响到心的本性。有部认为，烦恼与心常常相应而生，二者是共生，因此，烦恼不是“客相”，而是主体心的内在本质，此念念生灭之心本身具烦恼相。

      其三，垢相究竟如何而生？持心性本净论者认为：“心名但觉色等，然后取相，从相生诸烦恼，与心作垢，故说本净。”(《成实论》卷三)意思为，心是一种认识觉知作用，在取得形相以后，由形相产生烦恼，再染垢心。也就是说，心之垢染是主体的“取相”而生，并非本性层面产生烦恼，故言心性本净。有部则认为，“不然，是心心时即灭，未有垢相，心时灭已，垢何所染？”(同上)正如上引“心念念生灭，不待烦恼”一样，心一发生作用也就随即消灭，既然生时即灭，烦恼没有对其发生作用，又如何可能产生垢相？有部特别强调烦恼不是在心取相之后产生，而是心与烦恼俱时而生，“若心与惑俱时而生，则不应言心本性净，有时客尘烦恼所染。”心与烦恼既然互为因果，同时而生，就不能说心原本是清净的。“非贪势力令不染心转成染污，但有自性染污心起与贪相应……心性是染，本不由贪，故不染心本性清净，诸染污心本性染污。此义决定不可倾动。”(唐玄奘译《顺正理论》卷七十二)这里是说，清净心与染污心是完全相反的两种“心”，既然众生之贪心是本然性的存在，那么此染污心之生起，除“贪势力”之外尚应有“自性”层面的原因。若众生本性清净，就会使染心的形成缺乏内在根据。