比如，眼根是以眼中的一分净色为体性，就像净醍醐，有这个根才能生眼识，这个根损坏了，就会失明。像这样前五识所依的五种根都是净色。而第六识所依的意根则是心法。
第七末那识叫做“意”，它是生起第六识的所依，称为意根。由于第六识是依于第七意而起的识，所以叫“意识”，就像眼识依于眼根生起，所以叫做“眼识”。
此之意根，从无始来，内缘第八识之见分，虚妄执为实我实法，故名为末那识。梵语末那，此翻为意，由其恒审思量为性相故。
这个能生第六意识的所依或意根是从无始以来，内缘第八识的见分虚妄地执为实我、实法，所以叫做“末那识”。末那翻为“意”，原因是：它以恒审思量为性相。
“恒”是恒常，“审”是审察。思量的意义，八个识都有。加上“恒审”两字是为了区别。前五识是非恒非审的思量，第六识是审而非恒的思量，第八识是恒而非审的思量，只有第七识是亦恒亦审的思量。
然前六识时起时灭，喻如水波；第七末那，无始相续妄执我法，喻如水流；阿赖耶识，则喻如水。
但前六种识都是时起时灭，好像河水有风时水波就兴起，没风时水就平静，不是一切时都起波。这是指眼识等的前六识并不是一切时都生起，比如看电影，当时眼识在了别影像，耳识在了别声音，第六识在分别，时过境迁，这些识都不复存在了；舌识也是吃饭时才现起，不吃饭就不现行。而第七末那识，是从无始以来不断地执著我、法，就像河水不断地迁流。水波只是随风暂时兴起，而水流却是恒时相续。阿赖耶识比喻为水。
梵语阿赖耶，此翻为藏。具有能藏、所藏、执藏三义。
梵语阿赖耶，翻成藏。有三个意思：一、能藏，二、所藏，三、执藏。
“能藏”，好比一个宝库，里面能储藏金、银、琉璃、玛瑙等各种各样的宝物。这是指阿赖耶识里含藏一切能现起心王、心所、器界、根身等万法的种子。换句话说，凡是后来现行出来的法，都在阿赖耶识里有能变现它的种子或功能，否则就不能现起。这些种子藏在哪里呢？就藏在阿赖耶识里面（以它含藏一切种子的缘故，也称为“八识田”）。
“所藏”，好比宝库里的金、银、琉璃、玛瑙等。就含藏的内容来说，所藏的是一切法的种子。
“执藏”，就是第八识被第七识所执，就是第七识一直执著第八识的见分为我，好比看守仓库的门卫。
以下解释必须建立阿赖耶识的原因。
若无此识，则根身是谁执受？器界是谁变现？一切善恶漏无漏种是谁摄受？且如吾人疲倦熟睡，梦想俱无之时，前六转识俱不现起，若无此识，岂不同于死人？既无梦无想，仍非死人，验知必有此第八识。与第七识微细我执，仍自俱转。
如果没有阿赖耶识，会解释不通，这个根身由谁来执受呢？是由眼、耳、鼻、舌、身、意等来执受吗？当然不是。自从我们入胎，直到现在为止，身心日夜不断的生理运动是由谁在支配呢？我们没有去管这个头发，头发是自己生的。我们没有去管体内怎么消化、排泄，怎么生白血球、红血球，乃至无量无数的生化反应。难道这一切是无因无缘自己出来的吗？当然不是，不然就有无因而生的过失。那么，这又是由谁来执受呢？并不是第六意识在支配它。其实就是阿赖耶识，它有执受这一切的功能，以阿赖耶缘起，毫无紊乱地依循着次第而运行。否则就会想不通，如果在说到三界唯识时，只承许前六识的话，这样只以第六意识能不能停止身体上的一切呼吸、消化、循环、排泄等系统的运行呢？没有修道的因缘，这是不会无因停止的。
其次要问：器世界是由谁变现的？这外面就是有长江黄河，有三山五岳，有大洲大洋，有草原森林等等。别人会问：器界的山河大地等显现是由谁变现的？不建立阿赖耶识，就没办法解释。其实，器世界显现并不是什么心外的造物主造的，也不是无因无缘自然生的，而都是由阿赖耶识中的器界种子成熟时变现出来的。
再说我们造业后，善业、恶业等一旦造完，业就灭掉了。但业会留下种子，第二刹那熏习的种子藏在哪里呢？这个种子要一直相续才对，不然如果种子断灭了，后面怎么会丝毫不爽地感果呢？所以要解释这个善、恶等业的种子是由谁摄受的，这也非建立阿赖耶识不可。
再下来，比如人在极度疲劳而入了酣睡的时候，一点没有梦。这样在酣睡位时前六识都不生起，不但是眼耳等的前五识，连第六识也不生起。这样如果只承许六识的话，在酣睡位没有六识，应当成了死人。但无梦无想时并不是死人，这证明酣睡时一定有第八识和第七识微细我执在运转。
以下反面论证阿赖耶识是无自性的空性：
然此第八识，决非实我实法。若是实我实法，则应常无变易。而此识者，乃从先世引业所招，名异熟果。既从业招，便非常住。又善业则感天人乐报，恶业则感三涂苦报，往来六道，犹如车轮，变形易貌，曾无一定，岂是实我实法哉？
这是认定阿赖耶识并没有实有的自性，决不是实我实法。假如阿赖耶识是实我实法的话，就应当永远不变。所谓的有自性，是指不依仗其他法而自己成立，这样就应当永远保持不变。因缘所生的法，是有因缘才有“他”，没因缘就没有“他”，所以并没有独立的自性。而本自成立的法，不依赖他，所以没有“缘散而灭”这回事，所以应当恒时存在。
观察下来，阿赖耶识是相似相续、非常非断（“相似相续”就是同类相续的意思。这个词组造得很好，能一下子体会到非常非断。也就是说，前后只是相似，所以不是常；前后辗转相续，所以不是断）。这里看到前前后后就只是一个因果之流，说到底就只是阿赖耶识的因位和果位，再没有别的什么。对于第八识的一个相续，从因位熏种子，叫做“一切种识”，从果位现起根身器界，叫做“异熟识”。一切种识、异熟识、阿赖耶识，是针对第八识的因位、果位和体性而安立的三个名称。
这样，阿赖耶识从果上说，是过去世的引业所招，由于果位识是因缘所生法，所以不常住。前世造了那样的业，今生才产生持有这种根身器界的异熟识；没造那样的业，就不会现起。这样果位识是随因缘而转，缘散即灭，哪里能无条件住到第二刹那呢？任何因缘所生的法，都只显现一个刹那，绝不可能因缘灭了，还自己呆到第二刹那。
下面举两个例子来说明“因缘所生法都是刹那灭的体性”。一是说话的声音，二是电影。
比如现在我说“阿、阿、阿”，这个声音不是自己成立的，它是我的意念和发音器官等因缘和合，才出现了这个声音。传出的每个声音能够无条件安住到第二刹那吗？首先，我用意念、发音器官一运转，说出了第一个“阿”字，能生的因缘是意念、口舌的运转等，这些因缘是只显现一下就没有了，而所生的这个“阿”的声音也是只显现一下就没有了。不可能能生第一个“阿”的因缘已经灭了，还继续显现同样的“阿”。这样会认识到因缘所生的“阿”是刹那灭的体性。
再讲银幕上的影像也非常明显。要看到，放映机的光线在不断地变化，一刹那的因缘和合，就只幻出一刹那的假相，过后就什么也没有了。从这里看出，影相本来没有自己。如果有它自己，就应当过后还呆在银幕那里，实际上第二刹那就无影无踪，正显现的当时，在显现处也得不到它的存在。所以，由因缘幻出来的相其实是没有的，也因此称它为“虚相”。
按照这样类推，第八识也是由先前的引业引出来的，既然是由宿业所招，缘散即灭，就不会无因无缘还显现同样的相。所以阿赖耶识是有为法，是刹那灭的体性。
再说，因位造了善业，种子就熏在八识田里，逐渐到了成熟位，天界的果报就现出来了，像天人光耀的身体、特别高级的受用、天界的宫殿、园林等都显现为心中的境相。这一切根身器界的相显现在心里时，就好像做梦的习气一旦成熟，就会在梦心中显现各种境界那样，因位熏习的种子到它成熟的时候，就会变现各种根身器界的假相。如果生了很大的嗔心，种了地狱的种子，在感果时就会顿时现起地狱极其恐怖、惨烈的果相。
这样我们就看到，是由识不断地起现行，而不断地在识田里熏种子，种子成熟又生起现行，以现行又熏习种子。由这样辗转不断，就形成了因果相续，而导致长劫轮回。这里面并没有什么固定不变的形态，所有的因果法全是无自性的。
懂得阿赖耶缘起，再学十二缘起支就会十分清楚。在无明造业的第二刹那，就在识田里熏了种子（或熏成了因位识）。如果以爱、取滋润而成为有支，就会使种子成熟而转成果位识。然后以这个异熟识的力量牵引着心投入父母精血中，就成了名色。之后一个个阶段的运行，都是以阿赖耶识里种子的力量在推动着整个进程。
所以，只要八识的因果相续没有中断，就会不断地变异、显现。这里面的任何一幕都是因缘所生，都没有什么实有的自性。就像我们无始以来轮回到今天，转换了一个又一个的生命形态，过着一段又一段的生活，这只是不断地在放电影而已，放出来的全部是假的。
由于八识田中所熏的各类种子的功能力量，有一生又一生的变异。比如在今生变现了庄严的相貌，来世又变得很丑陋，再来世又转成了天人，之后又堕落成贫贱的乞丐。总之，在六道里不断地上下轮转，完全是以识为作者。是由识的力量，而变起根身器界无量的现相。
整个过程就只是阿赖耶识在上演着一幕幕的戏剧，而所演的每一幕都是假的。就好比做梦，因位时只是心串习了种种习气，而以习气成熟，就会在果位的梦中变现种种虚妄的显现。就像一个人最初心里对着虚假的财富，不断地生起贪求、追逐的心理和行为，说到底只是他心上起的一个个的妄念。可是这样熏来熏去，最后真的会变现出饿鬼的世界，那个饿鬼世界也是假的。依此类推，三界无量无边的假相是由谁在变现呢？唯一是自己的妄想。这样由妄想变出来的果报，说到底也只是假相，绝没有一点真的。
能够这样通达阿赖耶缘起的真相，就会明白世上没有一个实在的人和实在的法。
第二心所有法，略有五十一种，分为六位：一遍行有五，二别境有五，三善有十一，四烦恼有六，五随烦恼有二十，六不定有四。
心所有法，亦名心数。与心相应，如臣随王，如仆随主，故名心所也。此应甚多，今略明六位五十一者，举相用之最著者言耳。
心所有法也叫心数（以此心法，其法数多，故曰心数）。它是跟心王相应的法，就好比君臣跟随着国王，仆人跟随着主人，所以叫做心所，就是心王所拥有的眷属。
本来，心所有法非常多，这里只是简略地说明六位五十一种心所，这是举出相状和作用最显著的一些来说，而不是只有五十一种心所。
一遍行五者：一作意，二触，三受，四想，五思。
具四一切，名为遍行。谓遍于善恶无记三性，遍于三界九地[1]，遍于有漏无漏世出世时，遍与八识心王相应也。
六位心所中的第一位，叫做遍行心所。总共有五个：一、作意；二、触；三、受；四、想；五、思。
这五个心所都具有四个一切，所以叫做“遍行”。
（一）遍行在一切善、恶、无计的体性中；
（二）遍行在三界九地一切处；
（三）遍行在有漏无漏、世间出世间一切时；
（四）普遍地和一切八识心王都相应。
一作意者，警觉心种，令起现行，以为体性。引现起心，趣所缘境，以为业用。
一、作意心所，是以警觉心里的种子而使得它现起为体性，之后引着心趣向所缘境是它的业用或者作用。
比如战争中敌方的飞机已经临近某个城市的上空，这时候发出了防空警报，警报声一响，大家马上就警觉起来，然后纷纷往防空洞里逃。这就好比作意一生起的时候，就使得内心的种子现行起来，之后就引着心趣向所缘境。
如果不作意，就成了视而无睹、听而无闻、食而不知其味，就是因为作意心所没有启动。只有作意，心才趣向所缘境。同样对着荧屏，起了作意，就开始引着心趣向荧屏上的影相，也才注意到了上面在演很多人、车或大街等的境相。假如心不在焉，上面显现什么，会一点不知道，就是因为作意心所没有启动。如果心已经作意了，心就往所缘境那边去缘，就开始注意了，上面演些什么就会知道。如果心不在焉，就不知道在演什么。
二触者，于根境识三和之时，令心心所触境，以为体性。受想思等所依，以为业用。
二、触心所，就是指当根、境、识三者和合时，使得心和心所触及到境界。以成为受、想、思等的所依为业用。
比如说，眼前有电视、有我的眼根，又起了眼识，这三者和合的时候，就使得心在分别种种色法的影像，这样就叫做触。并不是一定要像手碰到桌子那样触到。
比如问：你接触了这件事吗？这就是广义的说法。听到了也叫接触到了，看到了也叫接触到了。凡是根境识和合时，心取到了境相，就叫做触。
触的作用是成为受、想、思等的所依。意思是说，我们没有接触哪有感受呢？哪有思想、行动等？首先要接触一下，才会有受、想、思等。所以以触为所依，就生起受，生起想和思等。比如手指一触到开水，马上生起苦受。没触到就没有受，一触到就有受，有了受就起“好烫！”的想。有了想，就有思——役使着心赶紧把手收回。
三受者，领纳顺、违、非顺非违境相，以为体性。起于欲合、欲离、欲不合不离之爱，以为业用。
三、受心所，以领纳顺心的境、违心的境、非顺非违的境为体性，以起欲合的爱、欲离的爱、欲不合不离的爱为业用。
这里要看到，由取三种境而分别生起三种受——苦受、乐受和舍受。具体指：当根境识和合时，领纳顺心的境，就生起乐受；领纳不顺心的境，又生起苦受；领纳非顺非违的中庸境，生起的是舍受（不苦不乐的受）。
进一步以这三种受为因缘，会生起三种爱。
在领纳合意的境时，心会立即生起想合上去的爱，会耽著在上面不愿离开，这种烦恼叫做“不离爱”。每一次只要境界合我们的心意，就会对我们有一种吸引力，然后我们的心会不由自主地合在境界里。就像狗最喜欢吃的美味是骨头，骨头一出现，它的眼光就盯着骨头不放，主人把骨头扔在面前，它就迫不及待地扑上去吃。像这样就是起了想啃上骨头的爱，叫做“不离爱”。
如果是一种非常不愿意接受的、与心意相违的境，这个境或者是某个讨厌的人，或者是某件不喜欢做的事，或者是某一种很恐怖的环境，当它一出现的时候，就会生起想避开的心，这一种心叫做“乖离爱”。比如如果跟自己有矛盾的一个人坐在那里，如果坐在他身边感觉非常难受，所以一看到他，就生起想避开他的心，这一种烦恼叫做“乖离爱”。如果是自己特别喜欢的人，就很想凑在他旁边坐，这一种烦恼心叫做“不离爱”。
又比如说，某一件事，你做了有成就感、有荣耀感，或者做起来特别舒服，很有乐趣，你就特别喜欢做，会主动请求“让我来做”，为什么会有这样的心呢？就是因为你做这件事有乐受。如果换一件事，做起来很失败、很没面子，或者非常麻烦，要吃很多苦头，这样不合你的心愿，就特别不愿意做，会想方设法地推脱，或者干脆溜掉，这种烦恼叫做“乖离爱”。平常无论是穿的衣服、吃的东西、参加的活动、做某些事、交往某些人，只要一接触，就会有受产生，紧跟着就有内心欲合、欲离、欲不合不离的三种爱发起。像这样就是：由触而生受，由受再引起爱。而这个爱就是生死根本。
第三、起不合不离的爱，就是心前出现境相的时候，心里不是想合上去，也不是想避开，而是一种不合、也不离的中间状态。这样就是起了第三种爱。
刚才这一切都叫做爱。它是以受为所依而生起的。没有受，绝不会无缘无故地生爱。所谓的生爱都是品尝到了它的滋味，有乐受就不愿离开；有苦受就想远离；不苦不乐，就保持一种中间状态。这一切都是依于受而产生的。
四想者，于境取像，以为体性。施设种种名言，以为业用。
四、想，就是对于境界取种种相。“想”字，是在“心”上有一个“相”字，就是心里取相的意思。比如我们心里常常取种种境相，就是想。想的作用是对于种种境相，施设种种名言，比如：这是善、那是恶，这是男、那是女，这是自方、那是敌方。从小父母教我们认字，首先画一个尖尖的山，再说这是“山”，我们就取这个山的相，而且对它施设“山”的名言，以后眼一见这种形象，口里就会说“这是山”。像这样，这个想的作用就是施设种种名言。
五思者，令心造作，以为体性。于善恶无记之事役心，以为业用。
五、思心所，思是以“使心造作”为体性。思的作用是对于善事、恶事或无记之事驱使着心发起行动。
所以思心所是造业的根源，起了思心所就开始役使着心做出行动。比如小偷见到那边有金条，然后考虑怎么去偷。这样一起这个思心所，就役使着他的心去做偷盗的业。
