到了火龙年，对于之扬拥地活佛为主的眷属，传授了“阿底深义心要”、“金刚萨埵断法引导文”和“三宝总集的甚深引导文”等。而且由弟子祈请，造了一篇新的《三宝总集的甚深引导文》。随后，闭关。
39岁时，为了总的弘法利生的事业，以及特别当时大德们的长久住世，按照“如来总集”的修行引导，加上息业和增业的火供，修了很多会供，而且到各大圣地大力供养护法。在去那些圣地时，给当地信众传授了长寿佛等的灌顶，而且相应大众的根机传了很多法。剩下的大半年里闭关修法。
40岁时，从三月初八到五月初八，对270多位善缘金刚道友传了“秘密大圆满阿底深义心要”的灌顶、引导和传承，恩德深重。这一年，无余地传授了“金刚萨埵意修”和“如来总集”的灌顶、教授、传讲以及传承。而且对具有智慧和精进的人，要求对其中的修法、身体的幻轮等，好好地修持。
又从康巴来了丹增喇嘛为主的一行人，祈求灌顶和传法，尊者为他们传了父王伏藏法的灌顶和传承。当时传授了“布玛心滴”、“上师心滴”、“空行心中心要”的灌顶和引导，以及玛吉拉准断法的灌顶等。随后，闭关一年。
42岁时，从三月三日到五月五日，对560名密乘法器完整地传授了“吉祥秘密宁提母子”的灌顶和甚深引导。
这一年专修普巴金刚，到取悉地时，出现了很多瑞相。后来修持上师密集、莲师寂猛等密法、金刚萨埵意修、文殊和白色妙音天女等的时候，都出现了很多验相。尤其念修金刚忿怒明王的大法时，到了傍晚，空中显现忿怒明王相，约莫一个小时安住不动。忿怒明王对尊者清楚地说：“至尊的前世是婆罗门女色日和比丘尼花姆等。”
水狗年，以吉美丹增活佛和拉然本扎赤青，以及一些较著名的活佛为主祈请尊者，按照《应成根本续》所授记般，尊者造了《摄集宁提心滴之母子教授的引导文·大乐妙道》。
不仅如此，前后撰写了很多修法仪轨、祈祷文等。比如：至尊空行母自己的《上师瑜伽仪轨·除暗明日》，依照至尊空行母传记写的《长久住世祈祷文·胜妙满愿》，《其他上师的祈祷文·加持河流》，《教诫弟子的教言道歌·遣除意暗》，《问答文类·镜现明影》，《供养文类·愿欲之穗》，《如来总集的上师传承礼敬发愿文》，《自在无量寿祈祷文》，《相联秘密智慧空行母之道次第的发愿文》和《祈祷文》，《金刚萨埵意修断法引导之传承祈祷文》，《摧破地狱坛城中的灌顶之方式·大乐妙道》，《新伏藏勇猛上师自受灌顶的仪轨》，《大圆满阿底深义心要之托嘎灌顶仪轨的补遗》，《相联阿底深义道次第的发愿文》及其教授，《观修随记》及其教授，《三宝总集之灌顶仪轨·令善缘欢喜》及引导文《窍诀明灯精要》，《金刚护法仪轨·普贤游戏海》，《阿底深要引导文·普贤密意庄严》等。
在水猪年、木鼠年这两年里，有各大道场的很多人前来求法。尊者给他们恩授了以宁玛派众多心部、界部为主的很多引导，以及“勇猛上师”、“空行根本”的一些灌顶和引导，而且着重按照洛钦大译师的很多著作做了讲解，也叫别人辅导、讲解。对于修行比较精进及能护持法脉的具相弟子教诫说：这一生得到暇满人身，为了自利利他，要特别着重精进实修。尊者让这些弟子专门闭关三年，致力于近、修、业，自己也闭关三年。
土龙年，阿里很多道场的师徒前来求法，对以他们为主的大众传授了观音法、长寿法和新伏藏莲师法的灌顶和传承。之后，又有锡金竹钦寺的活佛带着眷属特地来敏珠林寺求法，尊者赐予他们“大宁提空行心滴”和父亲新伏藏法“持明命修”的灌顶和引导，还教授了“如来总集甚深引导文”等。
这一年，南方玛乌几地方有位大德圆寂，请尊者去。尊者带着眷属骑马前往南方，途中突然说：“我要马上下马。”侍者慌忙扶着上师下马，马当即死去。尊者修破瓦法和发愿回向，为马作超度。返回之后，闭关一年。
当年，叫弟子多甲去下哦专门闭关实修。临行前，教导说：“名言中的明处等学得太多，脑袋会迷失的。你既有精进又有智慧，信心也不错，就主要修持我父亲的清净伏藏法，而且给别人做个榜样。发心上，是总的为了弘法利生，特别对于大密金刚心要，内心要有一心为法的想法，心里一直着重在实修上用功。你要常想：我的上师老母是这样说的，心里常常不忘记。你要做到，将来我们师徒再见面的时候，我想：我的弟子这么快就成就了。你也想：我修行有了成就，多么盼望能早一天见到上师。你要做到这一点。”
然后尊者说：“闭关中所需的所有饮食，我来供给你。”
多甲说：“饮食就不劳上师了。”
尊者说：“别说太多，快拿去吧。”多甲恭敬地听命。
尊者用右脚拍打他的头顶作加持，同时祈愿：让我的孩子修行圆满，修行中的一切违缘、障碍，祈求勇士和空行帮助遣除。这样以特别的欢喜心和慈悲护持弟子。
又一次尊者教诫弟子们：“实际上，要多忆念轮回苦，要一切时对三有无贪，心里放下此生，不要在任何地方起执著。主要对于甚深道的心要在座上安住，座下要串习和忆念，在日用当中，要跟自己的行为结合而修。
像我，内在没有什么断证功德，所依身也是下劣的（指女身），但以宿世业牵引，你们也要从内心对我生起恭敬的信心（意思是，以宿世的因缘牵引我做了你们的上师，所以你们要一直生起恭敬的信心才对你有利，这个心是不能变动的）。在这之上，要么一切的分别念在法身中解脱，要么你与我无别，合在一起（指弟子的心和上师的智慧融合无别），让这个恭敬的心住在“无生离戏”当中。按这样修，或者在死有明光现前时解脱。如果那时没解脱，就在中阴中解脱。中阴还没解脱，就在下一世的生有时，会显现上师的相来救度你。因为有这个必要，你们要心里记住。
我们修生圆次第或大圆满的教授，无论哪一种，都要具足加行、正行和结行。其中加行是指：已经了知一切有情都是父母，因此发起菩提心，而且自己常处在低位，凡是对众生有利益的大事，都要发大心力来做。正行是指：无论修的是生起次第、圆满次第或大圆满哪一种，安住在无生、明的本性中结合而修。结行是总的祈愿一切佛法，尤其是前译殊胜法宝，无边际地在十方世界里兴盛广大。一切有情生生世世和我们有过恩怨等的业缘关系，要把他们从轮回大苦海中彻底救拔出来，安置在圆满正等觉的佛地中。这样广发大愿。自己从今乃至菩提果之间，和根本上师以及上师传的心要法（光明大圆满为主）何时也不分离。在轮回还没有空尽之间，要发愿一切生得到清净的暇满所依身，以此来利益众生。为了能做到利他，绝对不生在造罪的王家和受三恶趣的身，不要生在这些种类中。如果是能厌离轮回而归依三宝、具有信心的父母，就投生在他家里。心里要有救度一切众生的欲乐。平常在修法的时候，只能做不欺心、无愧于人的事。
这样修成之后，下至语言中也不说舍弃有情，诸佛菩萨舍弃自利而唯一作利他，所以自己要特别殷重地实修。现在总的佛法，尤其是宁玛派的大密心要已经接近隐没，我们看到了，还要从心的深处发一些愿，好好修行。”
尊者边说边流眼泪，之后哽咽得说不出话来。
铁羊年，噶当寺附近的拉莫护法神腹内不舒服，请尊者去他那里。后来尊者去了，给他灌顶和念经，他身体的病就完全没有了。
后来，拉莫从护法殿出来迎接尊者。尊者进去时，当地的僧人不是特别重视。到了护法殿，护法神赶忙从座位上下来，步行出来迎接，说：“益西措嘉的化身您来了，很好！”然后奉献哈达等说：“金刚心要的法门不会变的”。等尊者从护法殿出来时，寺院的僧人都感动了，特别恭敬地求加持。当时路上堵满了人。
从铁羊年到火狗年之前，尊者到夏厄等很多圣地实修，同时为大众说法。这几年从四月到九月，每年都传授金刚密法，以难行苦行来传授。
火狗年五月初，对于本寺的僧人和其他很多道场的求法者灌顶、引导和传授窍诀。当时尊者教诲说：“我是个下劣身，身体也很累，但为了以甚深金刚乘的密法为主的传承不间断。以这种发心，我每次跟你们传授都不顾劳苦，很详细深入地做了讲解。如果你们既不实修，又不传讲、护持，那怎么谈得上做了弟子修学的事呢？你们受了很多灌顶，如果不守持清净的誓言、不实修，这样放逸度日的话，那只是身体入了佛门，暂时会遭到空行、护法的惩罚，最终会堕入恶趣，特别是会感受地狱寒、热等极难忍受的苦。
所以，你们要做到何时都不欺骗自己。如果感觉自己的罪障没有清净反而加重了，甚至对上师的信心也变小了，对因果也忽视了，在这一类的现象出现时，要多忆念上师的恩德，在还没有达到猛利变动自心期间，需要一直这么来做。
在实修上，要以大勇悍的心来精进。在因果上，要常常以三恶趣的苦来劝自己，对于微细处也要了解清楚而取舍。对于上师要以不退转的金刚信心做猛利祈祷，最终要让自己的心跟上师的心相应相合，要这么来做。
你们女众，除了自己学修外，要广大地宣讲和护持佛法比较难。但女众也有有力量的，在自利稍有成就后，也要在弘扬佛法上尽己所能地去做。
现在你们主要一心一意地做清净的善法，尤其，你们如果能在明朗大师的伏藏法上精进修持，那生活绝对不会有困难。主要你们受的三昧耶戒不违犯，对自己的上师有恭敬心，对上师窍诀的教授要心口一致地实行。如果能在产生定解上精进，那么清净宿世的罪业和有所成就就不成问题。你们如果有财富，就要尽量向三宝作供养、对乞丐作布施，这上面要精进。你们现在要多忆念死亡无常和三恶趣苦，就像各大经论和窍诀里所讲的那样，决定完全是真实的。已经有了这样的心之后，就要特别精进地实修。”这样教诫后，尊者又闭关了。
土鼠年二月，到了调伏众生的父王德达朗巴的涅槃日时，照例每年都修“八大如来总集”供养，而这一年大乐空行主尊的至尊空行母亲自主持，非常殷重，对于大众尽力供养。当时，对本寺和分寺的僧众以及接见的很多信众，做了很广的开示和赐予加持品。这以后过了一段时间，尊者又闭关实修了。
这一年五月的下半月，对于晋美哦沙等的少数弟子传了“自在长寿佛”的内和密的修法，当时对内和密实修的教授做了详细讲解，而且让弟子们复讲。当时复讲的很好，尊者显现很高兴，说这个法是伏藏大师密传的口诀，过去不许留在文字上。现在使这些法流传还是非常重要，所以留下了讲记，而且亲自修改。之后又闭关实修。
再说这一年，弟子晋美哦沙有一天晚上做了一个梦，上师从空行大乐殿中出来，只有一个侍者跟在身边。当时他想：上师已经年迈，只有一个侍者，其他都不在身边。所以他想自己给上师做侍者。
当起这个念头时，马上上师的身体就升到了虚空中，从上师的住处到另一座山之间，整个虚空中呈现一道五色的彩虹，就像铺着一条长长的五色氆氇那样。彩虹上，上师的面容像年轻时那样悦意好看，身上披着六种骨饰，乌黑的头发披在背后，骑着一头狮子，右手结印向前指着虚空，左手向下作“施无畏”印而加持，头朝后往下看着自己，同时以很好听的妙音唱着道歌：“无改的心性无始亦无终，自心了义的金刚萨埵面，现量见了本面后，轮回有相法在法界中解脱而加持。”唱完，瞬间就向西方的虚空中过去了。晋美哦沙当时在非常悲哀的心情中醒来。
后来很快上师圆寂了，他才知道上师是益西措嘉的真实化身，对于神通已经获得自在。才恍然明白当时只是色身还住在世间，本体智慧尊其实已经去了大乐清净刹土。这个梦是上师加持自己，让自己醒悟。
又有一天晚上，他又做了一个梦。本来是中午，空中的太阳正安住在头顶上，突然间太阳隐没，那个地方成了一片漆黑。（这也是预示上师要入涅槃，世间的日轮暂时隐没。）
有一天，常常随侍上师的几个弟子和医生都在上师座下。上师说：我这个老母走了后，光明大圆满法会更加衰微，就像风中的油灯。这时，弟子们特别祈求上师长久住世，最起码也要再住世三、五年。大家虔诚哀求，而且说：假使要圆寂，以后也一定要为了佛法，尤其为了大密宗金刚心要以及我们这些无依靠的弟子，再现化身来度我们。这样特别殷重地祈求之后，至尊空行母一段时间不说话，默然安住。然后说：作为兴盛佛法洲的继承者，我的寿命已经不久了。现在这一世做了一个出家老尼师的身份，过去在印藏两地，多数是需要作为女身，现在这个身份暂时结束。下一世会转成男的比丘身，而且首先亲近具相的善知识，之后对于大密宗的金刚心要法为主，会有一番作为。在那时，我们师徒还会聚会。
此后闭关三个月。出关后，尊者对本寺和附近几大寺院的僧人做了广大的承事。尊者带大众在敏珠林寺殊胜的三宝所依前，献上大供养。为了总的弘法利生，特别对于金刚乘心要的法，她和她的僧团以及弟子们能够护持弘扬，发了很多清净的大愿。然后到了敏珠林寺大殿中央大的释迦佛像前，和维那师等一起，向佛像献上供养。在那里尊者说：“现在我老了，对于佛法和众生很难再做大的利益。我的愿望是下一世不是一般的身份，要得一个男身做比丘，对于总的佛法以及特别大密金刚法要，能做到大的贡献，希望大家一同发这样的愿。
总之，生生世世现种种化身来弘法利生。是这样极殷重地在佛像前广发大愿。
这以后短暂的时间里，本寺和其他各寺院都来请尊者。尊者每到一个地方，都说：我快要离开人间。然后做很多殊胜的开示，给予教诫。
土牛年71岁时，四月份出关。对于本寺院禅定法洲和亚多寺院的男女众以及从各地前来求法的大众，广传了“阿底约嘎甚深引导文”。结束时赐予教言：
“你们在与正法相应的事情上，要以不自欺的方式来做。一般来说，无论是你行善或者造恶，诸佛在法界中都无碍地、全部清楚地现见了。所以假如有少许做了违背的话，自己应该有一种‘我很不对’的想法，需要立即发露忏悔，而且发誓未来不再造，要有这样的防护心态。
再者，在衣食受用好的时候，也要想到，这是上师三宝的大悲力赐予的，之后就用它来做上供下施。平时，常常以行持善法来调伏自心。如果有贫困、生病、痛苦等逆缘的时候，无论怎么产生，也要想到“上师知（上师都清楚地见到了）”！这是随宿业而来的。心里要这样想：“业果无欺是谛实的，反正出现什么就让它出现吧！上师三宝知！但愿以我的受苦让一切有情的恶劣罪障全部清净，要这么来做！最后，一切都安住在本来离戏的空性中。”像这样做了教诫。
这年，从五月十二日起，对以多隆巴朗活佛为主的很多具善缘的弟子，很全面地传授了“深道如来总集甚深引导”的母和子的灌顶和引导。在结束时，尊者这样教诫：
“现在是整个佛法，特别金刚密法到了极度衰微的时期，因此你们要特别殷重地去实修。尤其我们的法脉，在大伏藏师的亲传弟子中，现在能够传授引导的除我之外就再没有了。所以我这个老人虽然衰老无力，但一想到法脉不能断掉，也因此不顾劳苦地在干。这次也对你们无余地传授了殊胜的窍诀。虽然我身体很差，眼睛也快接近失明，有可能还在人间暂时住一段，但像这次这样做圆满的灌顶、讲授和引导，几乎不可能了。所以你们要非常清楚，利他的前提是自己的心要成熟。一切的要点就是在实修上要得到纯熟和自在。有了这样的前提，再尽己所能地弘法（就是以说法、著述等来弘扬、护持佛法），一切的所为要在这上面发挥力量。”这样做了教诫后，在场的大众都流下眼泪，心情沉重，恍恍惚惚。
六月间，尊者示现身体生病。但即使身体再弱，也对多隆巴朗活佛为主和本寺的僧人，恩赐了莲师身语意和长寿佛的灌顶，还各自对他们做了教诫。嘱咐有些人继续以讲经说法来护持佛法、利益众生，有些人在后半生闭关实修，针对各自的情况做了交待，而且把自己的念珠等赐给了他们。又慈悲地接见了出家、在家大众，做了很多对今生、来世有利益的如何修行善法的开示，各自赐给了一些加持品。又让多隆巴朗活佛讲解“金刚萨埵意修的甚深引导文”。
六月下旬，身体已经很差，讲了一些生圆次第的教授。到七月初一，病情加重。弟子们祈求为上师做一些佛事，请医生来治疗和服药等，尊者都不肯接受，认为现在为了自己住世做这些事，没什么必要。此后再不说话，安住在三摩地的境界中，眼睛向上，这样在境界中一念不散乱而安住。
七月初十早晨的黎明，尊者显现身体很年轻的相，容光焕发。当时，金刚跏趺坐，左手掌心朝上放在腹部处，右手拇指捏中指放在右耳边，这样结印，微笑着眼睛往上看，住在大圆满法身的看式中。顶上清净的热气直接往上走（就是智慧从顶门走了），这样显现了非常稀有的相。在场的人都目睹尊者在智慧光明的法身大清净界中示现涅槃。
当时，在现前俱生大乐的净土中，黑日嘎等勇士和瑜伽母以种种供品前来承事，把尊者迎往空行刹土。
当天荼毗时，从法体中不断地发出奇异香气，人间的香无法比拟。虚空中出现了透明的白色虹光，特别稀有，出现了很多。后来变成五色的虹光，从山顶直到经堂的屋顶上方，出现了双重彩虹，横跨其间。平时空行母所住房屋的顶上，也出现了彩虹。屋顶上的云聚成四辐轮和莲花四叶的相状。像这样有很多不可思议的稀有瑞相。在场的人们心中都种下了永远不退转信心的金刚种子。
